Pirmieji susitikimai vyks rugpjūčio 12-ąją, o atsakomieji - rugpjūčio 26-ąją.
Visos antrojo etapo poros:
Šiaurinė grupė
"Glentoran FC" (Šiaurės Airija) - "IF Elfsborg" (Švedija)
"FC Vaduz" (Lichtenšteinas) - "KSK Beveren" (Belgija)
"FK Ekranas" (Lietuva) - "Odd Grenland" (Norvegija)
"FK Ventspils" (Latvija) - "Brondby IF" (Danija)
"ÍA Akranes" (Islandija) - "Hammarby" (Švedija)
"Stabaek IF" (Norvegija) - "FC Haka" (Suomija)
"FK Bodø/Glimt" (Norvegija) - "FC Levadia" (Estija)
"FH Hafnarfjördur" (Islandija) - "Dunfermline" (Škotija)
"FK Žalgiris" (Lietuva) - "Aalborg BK" (Danija)
"FHK Metalurgs" (Latvija) - "Östers IF" (Švedija)
Centrinė-Rytų grupė
"FC Terek" (Rusija) - "Lech" (Lenkija)
"FC Dinamo" (Gruzija) - "SK Slavia" (Čekija)
"SK Rapid" (Austrija) - "FC Rubin" (Rusija)
"FC Illychivets" (Ukraina) - "FK Austria" (Austrija)
"FK Dukla" (Slovakija) - "FC Wil 1900" (Šveicarija)
"SK Sigma" (Čekija) - "FC Nistru" (Moldova)
"FC Dnipro" (Ukraina) - "FC Artmedia" (Slovakija)
"SV Pasching" (Austrija) - "FC Zenit" (Rusija)
"Servette FC" (Šveicarija) - "Újpesti TE" (Vengrija)
"FC Tiraspol" (Moldova) - "FC Metalurh" (Ukraina)
"FC Tbilisi" (Gruzija) - "Legia" (Lenkija)
"Honvéd FC" (Vengrija) - "KS Amica" (Lenkija)
Pietinė-Viduržiemio grupė
"Gençlerbirligi SK" (Turkija) - "HNK Rijeka" (Kroatija)
"PFC Levski" (Bulgarija) - "FK Modrica" (Bosnija ir Hercegovina)
"Hapoel Bnei Sakhnin FC" (Izraelis) - "FK Partizani" (Albanija)
"FK Železnik" (Serbija ir Juokalnija) - "FC Steaua" (Rumunija)
"NK Maribor" (Slovėnija) - "FK Buducnost" (Serbija ir Juodkalnija)
"PFC Litex" (Bulgarija) - "NK Željeznicar" (Bosnija ir Hercegovina)
"NK Primorje" (Slovėnija) - "NK Dinamo" (Kroatija)
"AC Omonia" (Kipras) - "PFC CSKA" (Bulgarija)
"FK Partizan" (Serbija ir Juokalnija) - "FC Otelul" (Rumunija)
"AEK Larnaca FC" (Kipras) - "Maccabi Petach-Tikva FC" (Izraelis)