Prieš burtų traukimą antrajame krepšelyje buvusi Lietuvos jaunimo rinktinė atsidūrė 12-oje grupėje, kurioje taip pat žais Serbija ir Juodkalnija, Kroatija bei Moldova, tuo tarpu turnyro nugalėtojų titulą ginanti Prancūzijos rinktinė aštuntoje grupėje susitiks su Danijos, Suomijos ir Maltos ekipomis.
Į sekantį etapą pateks po dvi stipriausias komandas iš dvylikos grupių bei viena geriausia trečiąja vietą užėmusi ekipa. Trys rinktinės - Ispanija, Italija ir Anglija, turinčios aukščiausią UEFA koeficientą, į antrą atrankos etapą pateko automatiškai. Finaliniame Europos čempionato etape, kuris vyks 2007 metais Austrijoje, be šeimininkų dalyvaus visi antro atrankos etapo grupių laimėtojai.
Pirmojo atrankos etapo grupės
1 grupė:
Ukraina
Graikija
Kazachstanas
Bulgarija
2 grupė:
Izraelis
Slovėnija
Šveicarija
Lichtenšteinas
3 grupė:
Olandija
Airija
Baltarusija
Makedonija
4 grupė:
Belgija
Gruzija
Rumunija
Šiaurės Airija
5 grupė:
Rusija
Slovakija
Andora
Albanija
6 grupė:
Švedija
Lenkija
Farerų salos
Islandija
7 grupė:
Vengrija
Armėnija
Kipras
Azerbaidžanas
8 grupė:
Prancūzija
Danija
Suomija
Malta
9 grupė:
Škotija
Vokietija
Bosnija ir Hercegovina
Estija
10 grupė:
Turkija
Čekija
Liuksemburgas
Velsas
11 grupė:
Norvegija
Portugalija
San Marinas
Latvija
12 grupė:
Kroatija
Serbija ir Juodkalnija
Lietuva
Moldova