Goyvaertsas savo karjerą pradėjo "%c00132" ekipoje būdamas vos 16 metų. 1962 metais belgas perėjo į "Barcelona" ir praleido Nou Camp tris sezonus. Katalonų komandoje jis buvo vadinamas tiesiog "Fernando".
Goyvaertsas prieš pereidamas į "Real Madrid" gavo naudingiausio Ispanijos lygos (La Liga) futbolininko titulą, tačiau karališkajame klube jam nelabai sekėsi.
"Fernando" buvo varžovų siaubas standartinėse situacijose. Beto, jis buvo puikus kamuolių "blokuotojas". Baigęs futbolininko karjerą Goyvaertsas dirbo futbolininkų agentu.