Karjerą J.Nowotny pradėjo 1991 m. “Karlsruher“ ekipoje ir sužaidė joje 103 rungtynes. 1996 m. persikėlęs į Leverkuzeno “Bayer“, 33 metų saugas jam atstovavo 231 kartą. Vokietijos rinktinėje J.Nowotny sužaidė 47 mačus.
Nuo 2003 m. pradžios nuolat kelio traumų problemų varginamas vokietis prieš šį sezoną persikėlė į Zagrebo “Dinamo“. Tačiau rugpjūtį futbolininkas patyrė analogišką traumą. Sugrįžęs į aikštę spalį, jis tesužaidė 10 rungtynių, kol eilinį kartą traumavo savo kelį.
“Mano kelis pribaigtas. Daugiau žaisti negaliu“, - pareiškė Jensas Nowotny, praėjusią vasarą su Vokietijos rinktine iškovojęs pasaulio čempionato bronzą.